免疫功能紊乱可能引起免疫系统对卵巢组织的攻击从而损伤卵巢功能。已有研究发现，一些自身免疫性疾病如桥本甲状腺炎、阿狄森病、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、重症肌无力等患者可伴发POI。不少研究报道，约4％~30％的POI患者合并自身免疫性疾病，其中自身免疫性肾上腺疾病占免疫性POI的60％~80％，自身免疫性甲状腺疾病占免疫性POI的14％~27％。部分POI患者可检测到抗卵巢抗体。免疫紊乱引起卵巢功能下降的机制仍有待深入研究。

较多研究报道了病毒性腮腺炎患者会并发卵巢炎，出现卵巢功能下降，甚至POI。动物实验研究发现，其机制可能与腮腺炎病毒诱导了卵巢颗粒细胞的自然免疫反应，致使颗粒细胞凋亡有关。另有一些研究报道，志贺菌、巨细胞病毒、COIVD-19等的感染，亦可引起卵巢功能下降的临床表现，机制需进一步的研究。同时，炎症性疾病尤其是盆腔炎性疾病后遗症（淋病奈瑟菌性盆腔炎、结核性盆腹膜炎等）、子宫内膜异位症等会导致严重的盆腔粘连、输卵管阻塞，能引起卵巢血供的异常及生殖道的梗阻病变，进而通过多重机制影响女性的生育力。子宫内膜异位症浸润卵巢形成的囊肿可直接破坏卵巢组织，引起卵巢储备功能下降。

盆腔手术尤其是卵巢手术、盆腔放疗、肿瘤化疗及某些药物均可能导致卵巢功能的损伤。盆腔手术对卵巢功能的影响主要源于对卵巢血供的破坏（如全子宫切除、子宫动脉介入栓塞等）和直接的卵巢组织损伤（卵巢切除术、卵巢囊肿剥除术）。化疗药物对卵巢功能的损伤与化疗药物的类型、累积药物剂量及用药年龄密切相关，其中苯丁酸氮芥片、复方环磷酰胺片等烷化剂致POI风险最高，发生率约为60％，非烷化剂的POI风险为3％。