人体内环境处于不断的调节中，在不同炎症情况下，间充质干细胞的免疫应答也会发生变化。科学家研究发现间充质干细胞的免疫调节具有双向作用，即它就像炎症环境的一个缓冲剂：当炎症反应加强时，间充质干细胞就会抑制其继续的反应；当炎症反应减弱时，间充质干细胞反而可能促进机体的免疫应答。这种缓冲作用可以应用于疾病的治疗。比如，用于治疗肝硬化，进入人体的间充质干细胞可以明显缓解肝脏部位的炎症反应。但是在用于治疗时不可与地塞美松同用，地塞米松这类固醇类激素免疫抑制剂治疗肝硬化时，会在相当程度上使间充质干细胞治疗作用降低。原因就是间充质干细胞的缓冲作用，当病人接受地塞美松治疗时，肝硬化病人病灶部位的炎症会减轻，导致间充质干细胞的会反过来增强炎症，使间充质干细胞失去了治疗效果，甚至会加重疾病。所以，在使用间充质干细胞治疗疾病时一定要注意它与其他药物的联合应用 。