OEC选择手术治疗还是行ART助孕治疗目前尚存争议，2015版中华医学会《子宫内膜异位症的诊治指南》提出OEC直径≥4cm、合并不孕及痛经药物治疗无效为手术指征。手术可能进一步加重卵巢储备减少，同时患者需承担手术相关风险及费用的负担。B超引导下囊肿穿刺抽吸+硬化剂注入亦备受关注，可作为腹腔镜下囊肿剥除术的替代疗法，但复发率高，疗效有待进一步探究。有荟萃分析指出，OEC患者直接行IVF-ET助孕与巧克力囊肿剥除术后行IVF-ET助孕比较，AFC、成熟卵母细胞、临床妊娠率、流产率和活产率比较无统计学差异，经手术患者获得的卵母细胞总数较少、周期取消率高。故对于有生育要求的OEC合并不孕患者，建议直接行。

临床推荐EMT导致不孕患者使用超长方案促排卵。在超长方案中，需多次注射长效促性腺激素释放激素激动剂降调节。GnRH-a能有效地防止卵泡过早黄化及改善卵泡生长发育的同步性。在随机对照试验研究中，Ⅲ~Ⅳ期EMT不孕患者行GnRH-a超长方案促排卵可以提高临床妊娠率。长方案也是备用的方案之一。Liu等提出，超长方案与长方案比较，EMT不孕患者的临床持续妊娠率提高，但对早期和晚期EMT不孕患者行超长方案促排卵，他们的妊娠结局却无明显差异。而高龄EMT合并不孕患者使用超长方案较长效长方案可获得较好的临床妊娠结局。高龄EMT合并不孕患者，多数合并有卵巢功能减退，这类患者目前逐渐倾向于使用拮抗剂、微刺激、黄体期促排卵等不需要降调节的方案，以避免出现降调后卵泡被抑制过深。临床上积攒足够的胚胎冷冻保存后，再行降调后的激素替代方案，行冻胚移植。